Emajõgi ehk Suur Emajõgi Võrtsjärvest Peipsini oli 1927. aasta andmetel 117 km pikk, pärast õgvendamisi on ta lühenenud 100 kilomeetrini. Emajõgi on ainuke täies ulatuses laevatatav jõgi Eestis. Emajõel on 12 lisajõge: vasakkaldal Pedja, Laeva, Amme ja Koosa; paremkaldal Kavilda, Elva, Ilmatsalu, Porijõgi, Mudajõgi, Luutsna, Ahja ja Agali. Lisajõgedest on osaliselt laevatatavad Elva, Pedja ja Ahja. Jõkke voolab veel ligikaudu 35 kraavi ja oja. Jõesängi laius on 40-100 m, jõe sügavus enamasti 2-4 m, kohati kuni 10 m. Jõe keskmine voolukiirus on 3,7 km/h. Emajõgi kogub oma veed 9 960 ruutkilomeetri suuruselt valgalalt, mis moodustab ligikaudu 22% Eesti pindalast.

Suurvee ajal muutub  Emajõe ülemjooksul voolusuund mõnikord vastupidiseks. Kui Pedja ja Põltsamaa jõgi toovad Kesk-Eestis rohkesti lumesulavett ja Võrtsjärve pind on madalal, siis hakkab Emajõgi voolama hoopis Võrtsjärve. Seda aeg-ajalt tagurpidi voolavat jõelõiku kutsutakse Järvejõeks, sest üleujutuse tõttu suureneb vetevälja laius mitmekümne kordseks võrreldes jõe tavapärase laiusega.















Ürikuis on Suurt-Emajõge esimest korda mainitud 1224. aastal (Emaioga). Ka on Läti Henriku Liivimaa kroonikas ülestähendusi Emajõest: kui 1211. aastal sakslased jõudsid Tarbatu linnuse alla, leiti see rüüstatud olevana ning nad "läksid üle jõe, mida Vete-Emaks (Mater aquarum) hüütakse, et tungida edasi paganate maale". 13. sajandil ja hiljemgi on Emajõeks nimetatud ka Pärnu jõge. Kuni 18. sajandini, mil Tänassilma jõgi Viljandi juures muutus veelahkme kohal laevatamiseks liiga madalaks, kulges mööda mõlemat jõge tähtis Pärnu ja Pihkva vaheline kaubatee (mööda Pärnu jõge, Raudna jõge, Viljandi järve, Tänassilma jõge, Võrtsjärve, Emajõge ja Peipsi järve). Hiljemgi on korduvalt peetud plaane selle muistse veetee taastamiseks. Emajõgi on eesti pseudomütoloogia populaarseid jõgesid.

F. R. Faehlmanni muistendi järgi kaevasid Emajõe sängi loomad ja linnud.

Vihastas kord Vanemuine lindude ja loomade peale, et nad ei osanud elust rõõmu tunda, vaid kisklesid ja taplesid omavahel. Vanataat otsustas loomadele määrata kuninga, kes neid valitseks. Loomad said käsu kaevata kuninga vastuvõtuks jõgi, et kuningas võiks selle kaldal elada. Jõgi pidi olema ilus ja sügav ning selle kallastel pidi olema künkaid ja orge, varjurikkaid puudesalusid ja rohuniite, et kuningale rõõmu valmistada. Loomad hakkasidki vanataadi käsu järgi tööle. Jänes jooksis ees ja rebane vedas talle järele joostes sabaga maapinnale juti. Nii valiti jõele asukoht. Mutt kaevas esimese vao. Mäger süvendas seda ning hunt silus jõepõhja. Karu kandis mulla ja liiva hunnikutesse. Kui loomad olid tööga hakkama saanud, kallas Vanemuine kuldse kulbiga jõesängi vee ja määras, kuhupoole see voolama peab. Nii oli sündinud Emajõgi, Tartumaa sümbol.